ישנם הבדלים במנהג צורת קביעת המזוזה, יש מקומות שבהם המזוזה קבועה ישר במאונך, ויש מקומות שבהם המזוזה קבועה באלכסון.
הבדל המנהגים נעוץ בפירוש דברי חכמים שאמרו שאם עשה את המזוזה "כמין נגר (בריח) – פסולה" (מנחות לג, א). לדעת רש"י, רמב"ם ורוב הפוסקים, צריך לקבוע את המזוזה זקופה, ראשה כלפי מעלה ותחתיתה כלפי מטה, בזווית ישרה לגמרי. ואם השכיבה במאוזן – לא יצא ידי חובה. ואילו לדעת רבנו תם פירוש הדברים הפוך, צריך לקבוע את המזוזה בשכיבה, היינו במאוזן, ואם קבעה במאונך, היינו בזקיפה, לא יצא ידי חובה.
למעשה נפסק ב'שולחן-ערוך' (יו"ד רפו, ו) כדעת רוב הפוסקים, שהמזוזה צריכה להיות זקופה, וכן נוהגים יוצאי ספרד.
אבל יוצאי אשכנז ומרוקו נוהגים לקבוע את המזוזה באלכסון, ראשה כלפי פנים הבית ותחתיתה כלפי חוץ. וטעמם, הואיל ולדעת רבנו תם במזוזה זקופה לא יוצאים ידי חובה, רצוי לכתחילה להתחשב גם בדעתו ולקבוע את המזוזה באלכסון, באופן כזה שלשתי השיטות יוצאים ידי חובה, מאחר שמצד אחד היא איננה זקופה, ומצד שני היא איננה שוכבת במאוזן.
וכיוון שלדעת רוב הפוסקים המזוזה צריכה להיות זקופה, גם למנהג יוצאי אשכנז אין קובעים את המזוזה ממש באלכסון, אלא באופן שתהיה יותר זקופה מאשר שוכבת. ומובן שגם לפי מנהג יוצאי אשכנז, במקרה שאין אפשרות לקבוע את המזוזה באלכסון, יש לקובעה זקופה כדעת 'שולחן-ערוך'.
