מדיניותה של האימפריה האשורית היתה להגלות את בני העמים שכבשה מארצם לארץ אחרת, כדי שיהיו תלושים משורשיהם וכנועים, וכך יעסקו בעבודתם וישלמו מיסים כבדים ולא יתארגנו למרוד. וכן עשו בימי בית ראשון לעשרת השבטים, שבעקבות חטאם נתנם ה' בידי אשור, והיגלום למחוזות אחרים שתחת שלטונם, והביאו במקומם בני עמים אחרים "מִבָּבֶל וּמִכּוּתָה וּמֵעַוָּא וּמֵחֲמָת וּסְפַרְוַיִם, וַיֹּשֶׁב בְּעָרֵי שֹׁמְרוֹן תַּחַת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל, וַיִּרְשׁוּ אֶת שֹׁמְרוֹן וַיֵּשְׁבוּ בְּעָרֶיהָ. וַיְהִי בִּתְחִלַּת שִׁבְתָּם שָׁם לֹא יָרְאוּ אֶת ה', וַיְשַׁלַּח ה' בָּהֶם אֶת הָאֲרָיוֹת וַיִּהְיוּ הֹרְגִים בָּהֶם. וַיֹּאמְרוּ לְמֶלֶךְ אַשּׁוּר לֵאמֹר: הַגּוֹיִם אֲשֶׁר הִגְלִיתָ וַתּוֹשֶׁב בְּעָרֵי שֹׁמְרוֹן לֹא יָדְעוּ אֶת מִשְׁפַּט אֱלֹוהֵי הָאָרֶץ, וַיְשַׁלַּח בָּם אֶת הָאֲרָיוֹת וְהִנָּם מְמִיתִים אוֹתָם כַּאֲשֶׁר אֵינָם יֹדְעִים אֶת מִשְׁפַּט אֱלוֹהֵי הָאָרֶץ. וַיְצַו מֶלֶךְ אַשּׁוּר לֵאמֹר: הֹלִיכוּ שָׁמָּה אֶחָד מֵהַכֹּהֲנִים אֲשֶׁר הִגְלִיתֶם מִשָּׁם וְיֵלְכוּ וְיֵשְׁבוּ שָׁם, וְיֹרֵם אֶת מִשְׁפַּט אֱלוֹהֵי הָאָרֶץ. וַיָּבֹא אֶחָד מֵהַכֹּהֲנִים אֲשֶׁר הִגְלוּ מִשֹּׁמְרוֹן וַיֵּשֶׁב בְּבֵית אֵל וַיְהִי מוֹרֶה אֹתָם אֵיךְ יִירְאוּ אֶת ה'". אולם בפועל אף שהחלו לעבוד את ה', לא זנחו את אליליהם, אלא "אֶת ה' הָיוּ יְרֵאִים וְאֶת אֱלֹהֵיהֶם הָיוּ עֹבְדִים" (מלכים ב' יז, כד-כח; לג).
כיוון שרוב האנשים שהוגלו לשומרון באו מכותה, נקראו כולם על שמם 'כותים'. לימים קראו להם 'שומרונים', על שם מקום מגוריהם בשומרון. כמאה ושלושים שנה חיו הכותים בשומרון כשבית המקדש הראשון שבירושלים עדיין עמד על תילו, והיו מהם שעלו אליו לרגל. וכפי שמסופר בנביא (ירמיהו מא, ה), על עולי רגל משומרון שבאמצע דרכם לבית המקדש נודע להם שהוא נחרב, שנאמר: "וַיָּבֹאוּ אֲנָשִׁים מִשְּׁכֶם מִשִּׁלוֹ וּמִשֹּׁמְרוֹן שְׁמֹנִים אִישׁ מְגֻלְּחֵי זָקָן וּקְרֻעֵי בְגָדִים וּמִתְגֹּדְדִים וּמִנְחָה וּלְבוֹנָה בְּיָדָם לְהָבִיא בֵּית ה'". אמנם אפשר שהעולים למקדש היו ישראלים שנותרו בשומרון, שכן מסתבר שגם לאחר שמלכות אשור הגלתה את עשרת השבטים, עוד נותרו ישראלים רבים בכפרים קטנים. ויותר נראה שהכותים התערבו והתחתנו בישראלים ובכהנים שנותרו פזורים בשומרון, ובמשך הזמן כולם יחד נחשבו כותים, ומהם שעלו לבית המקדש הראשון עד שנחרב על ידי מלכות בבל.
נחלקו התנאים אם להלכה דינם של הכותים כיהודים או כגויים (קידושין עה, ב). לדעת רבי ישמעאל דינם כגויים, משום שבעת גיורם לא זנחו את אליליהם והמשיכו לעבוד עבודה זרה. אולם לדעת רבי עקיבא ורוב החכמים, דינם כיהודים, ואף שאחר גיורם המשיכו לעבוד אלילים, כיוון שהתגיירו וקיבלו על עצמם שה' הוא אלוהי האלוהים, גיורם תקף. ויש מבארים שבתחילה לא נחשבו כיהודים, כי בעת הגיור התכוונו להמשיך לעבוד עבודה זרה, אולם כאשר זנחו את אליליהם והחלו לעבוד את ה', חזרו והתגיירו ונעשו יהודים. וכן נהגו ישראל במשך דורות רבים להחשיבם כיהודים.[8]
