לאחר כשלוש עשרה שנה, עלה נחמיה לארץ ונצרך לפעול שוב להבדלת היהודים מנישואי תערובת. כפי הנראה, למרות ההתעוררות הגדולה לתשובה, עדיין נותרו רבים מישראל בנישואי תערובת, ונוספו אליהם בינתיים עוד יהודים שנשאו נוכריות. נחמיה היה בעל סמכות שלטונית מהמדרגה העליונה. בתחילה היה שר המשקים של מלך פרס, וכיוון שנכסף להשתתף בבניין הארץ, קיבל ממלך פרס רשות לעלות ליהודה ולמשול מטעמו על 'פחוות יהודה'. מיד לאחר עלייתו רתם את כולם לבניית חומות ירושלים, וייצב את מעמדם של העניים שנוצלו על ידי העשירים. בכך חיזק את יהודה מבחינה ביטחונית, חברתית וכלכלית (נחמיה א-ו). לאחר מכן כינס את העם לחגוג את ראש השנה במקדש, ועזרא הסופר קרא בספר התורה, והעם התעורר בבכי לשוב בתשובה. אך עזרא ונחמיה דחו את עצרת התשובה לאחר סוכות, ובינתיים עודדו את העם לשמוח בחגי תשרי. "וּבְיוֹם עֶשְׂרִים וְאַרְבָּעָה לַחֹדֶשׁ הַזֶּה נֶאֶסְפוּ בְנֵי יִשְׂרָאֵל בְּצוֹם וּבְשַׂקִּים וַאֲדָמָה עֲלֵיהֶם. וַיִּבָּדְלוּ זֶרַע יִשְׂרָאֵל מִכֹּל בְּנֵי נֵכָר וַיַּעַמְדוּ וַיִּתְוַדּוּ עַל חַטֹּאתֵיהֶם וַעֲוֹנוֹת אֲבֹתֵיהֶם" (נחמיה ט, א-ב).[10]
לאחר שתים עשרה שנות שלטונו בירושלים, נצרך נחמיה לחזור לארמונו של מלך פרס. לאחר ששהה שם תקופה מסוימת, קיבל רשות לחזור לירושלים ולמשול בה. כשחזר מצא שוב שישנם יהודים רבים שהתחתנו בגויים וילדיהם גדלים כנוכרים גמורים. שנאמר (נחמיה יג, כג-כז): "בַּיָּמִים הָהֵם רָאִיתִי אֶת הַיְּהוּדִים, הֹשִׁיבוּ נָשִׁים אַשְׁדֳּדִיּוֹת עַמֳּנִיּוֹת, מוֹאֲבִיּוֹת. וּבְנֵיהֶם חֲצִי מְדַבֵּר אַשְׁדּוֹדִית, וְאֵינָם מַכִּירִים לְדַבֵּר יְהוּדִית וְכִלְשׁוֹן עַם וָעָם". כיוון שמלך פרס העניק לו סמכויות שלטוניות כדי לאכוף את חוקי המלכות ודת ישראל, כך עשה: "וָאָרִיב עִמָּם וָאֲקַלְלֵם, וָאַכֶּה מֵהֶם אֲנָשִׁים וָאֶמְרְטֵם, וָאַשְׁבִּיעֵם בֵּאלוֹהִים: אִם תִּתְּנוּ בְנֹתֵיכֶם לִבְנֵיהֶם, וְאִם תִּשְׂאוּ מִבְּנֹתֵיהֶם לִבְנֵיכֶם וְלָכֶם. הֲלוֹא עַל אֵלֶּה חָטָא שְׁלֹמֹה מֶלֶךְ יִשְׂרָאֵל, וּבַגּוֹיִם הָרַבִּים לֹא הָיָה מֶלֶךְ כָּמֹהוּ, וְאָהוּב לֵאלוֹהָיו הָיָה, וַיִּתְּנֵהוּ אֱלוֹהִים מֶלֶךְ עַל כָּל יִשְׂרָאֵל – גַּם אוֹתוֹ הֶחֱטִיאוּ הַנָּשִׁים הַנָּכְרִיּוֹת. וְלָכֶם, הֲנִשְׁמַע לַעֲשֹׂת אֵת כָּל הָרָעָה הַגְּדוֹלָה הַזֹּאת, לִמְעֹל בֵּאלוֹהֵינוּ לְהֹשִׁיב נָשִׁים נָכְרִיּוֹת?!". בסיכום דבריו סיפר שהבריח את מחללי הכהונה שנשאו נשים נוכריות, והעמיד את משמרות הכהנים והלוויים. ולגבי ישראל – "וְטִהַרְתִּים מִכָּל נֵכָר… זָכְרָה לִּי אֱלוֹהַי לְטוֹבָה". בכך נחתמים ספרי עזרא ונחמיה.
